「馬祖藍眼淚」主要是由夜光蟲所造成。夜光蟲分類上屬於異營性渦鞭毛藻或雙鞭毛藻，為一種不具有色素、不行光合作用之赤潮（red tide）生物，全世界不同海域的夜光蟲均屬於同種生物。
對於「藍眼淚」是否只有馬祖有？此一問題應該說夜光蟲發光現象存在於許多熱帶與副熱帶富營養鹽之沿岸水域，但它們都不叫做「藍眼淚」，只有馬祖稱此種現象為「藍眼淚」，所以夜光蟲發光之此種自然現象到處都有，但「藍眼淚」一詞僅存在於馬祖。