為改善農民賴以生活之農業環境及兼顧農村生態保育，促進農業資源永續利用，本處自民國77年起即協助各直轄市、縣(市)政府辦理早期農地重劃區農水路更新改善先期規劃、工程設計及施工監造等工作，早期農地重劃區係指民國60年以前完成農地重劃之地區，將寬度原僅為2.5至3公尺之狹窄農路及年久失修水路渠道，一併更新改善，建設完善農水路系統，同時考量減少工程施設對農地環境的衝擊，加入各項生態工程設計，營造滿足農村地區生物生存基本需求的友善生態環境，以兼顧維護農村自然生態及景觀風貌。
本處110年辦理早期農地重劃區施工監造計15區，面積共999公頃，預計於111年陸續完工，詳早期農地重劃區農水路更新改善工程施工監造區一覽表。
一、工程地點：臺南市鹽水區。 二、工程範圍：東至西部幹線鐵路，西至田寮大排，南至南北9路，北至東西1路。 三、面積：約98公頃。 四、工程主辦機關：臺南市政府。 五、規劃設計及監造機關：內政部土地重劃工程處。
一、工程地點：臺南市東山區。 二、工程範圍： 東山(五)： 東至東西2路，西至嘉南大圳北幹線，南至南北4路，北至東西1路。 聖賢(九)： 東至嘉南大圳北幹線，西至南北1路，南至吉貝耍支線，北至急水溪。 三、面積：東山(五)約54公頃、聖賢(九)約37公頃，合計約91公頃。 四、工程主辦機關：臺南市政府。 五、規劃設計及監造機關：內政部土地重劃工程處。
一、工程地點：臺南市下營區、六甲區。 二、工程範圍： 大屯(四)： 東起：東至東西12路，西至東西1路，南至麻豆大排水溝，北至朝興南路。 六甲(十二)： 東至台1線，西至南北1路，南至南北4路，北至南北5路。 三、面積：大屯(四)約145公頃、六甲(十二)約17公頃，合計約162公頃。 四、工程主辦機關：臺南市政府。 五、規劃設計及監造機關：內政部土地重劃工程處。